Contrôle fiscal en entreprise : déroulement et durée

Qu'est-ce qui déclenche un contrôle fiscal ?

Lors d'un contrôle fiscal, l'administration va vérifier la régularité des comptes de l'entreprise. Elle cherche à identifier d'éventuels manquements au niveau du paiement des taxes et des impôts (impôt sur les sociétés, TVA, taxe professionnelles, taxes foncières comme la CFE). En cas d'anomalies dans la comptabilité de l'entreprise, la sanction prend la forme d'un redressement fiscal, c'est-à-dire d'une imposition supplémentaire

Si la plupart des contrôles fiscaux sont déclenchés pour une ou plusieurs raisons précises (voir ci-dessous), certains contrôles peuvent être effectués de manière aléatoire. Ne pensez donc pas que vous êtes à l'abri parce que votre entreprise est à jour dans ses obligations comptables et fiscales déclaratives : un contrôle fiscal peut toujours survenir !

De manière générale, il faut savoir que l'administration fiscale française vérifie à distance les déclarations des entreprises (contrôle sur pièces). L'objectif est de juger de leur cohérence : si des anomalies sont détectées, alors un contrôle fiscal plus approfondi peut être déclenché (vérification de comptabilité).

Voici les 7 causes les plus courantes d'un contrôle fiscal d'entreprise :

1. Une directive reçue par l'administration fiscale, certains secteurs d'activité étant particulièrement surveillés (bâtiment, restauration...).
2. Un contrôle fiscal réalisé chez un partenaire commercial du contribuable, pour lequel des anomalies comptables ont été constatées.
3. Une dénonciation, qu'elle émane d'un client ou d'un partenaire commercial.
4. Des opérations commerciales et financières à l'étranger, et notamment dans des pays où la fiscalité est avantageuse.
5. Des anomalies comptables (chiffre d'affaires anormalement bas pour le secteur d'activité, etc).
6. Un chiffre d'affaires incohérent avec les déclarations de TVA de l'entreprise.
7. Un contrôle fiscal antérieur, qui pourrait nécessiter de nouvelles vérifications.

Comment se déroule un contrôle fiscal ?

Il existe deux grands types de procédures de contrôle fiscal en entreprise :

1. Le contrôle interne appelé "contrôle sur pièces". Il s'agit d'un contrôle de routine, effectué à distance par un vérificateur, et qui peut survenir de manière aléatoire. Dans ce cas précis, l'entreprise n'est pas informée qu'un tel contrôle va avoir lieu, sauf si l'administration vous adresse une demande d'éclaircissements ou de justifications complémentaires. L'administration fiscale va simplement vérifier les déclarations de l'entreprise et leur cohérence.
2. La "vérification de comptabilité" est, en principe, réalisée par un vérificateur sur place, dans les locaux de l'entreprise ou dans les bureaux de son expert-comptable, après notification préalable. En règle générale, celle-ci a lieu parce que l'administration fiscale a relevé certaines incohérences dans les déclarations de l'entreprise, ou pour faire suite à une dénonciation. Elle L'entreprise doit préparer les pièces comptables nécessaires pour faciliter le contrôle de l'inspecteur. Si l'entreprise tient une comptabilité informatisée, et que l'administration estime qu'un contrôle sur place n'est pas nécessaire, elle peut procéder, à distance, à la vérification. On parle “d'examen de comptabilité”. 

Quelle que soit la forme qu'elle prend, une vérification est toujours annoncée. L'entreprise est informée de la survenue d'un tel contrôle de sa comptabilité, généralement par courrier recommandé :

• Soit par un avis de vérification de comptabilité, si le contrôle fiscal se déroule dans les locaux de l'entreprise,
• Soit par un avis d'examen de comptabilité, si le contrôle fiscal a lieu à distance.

Ce courrier informe notamment l'entreprise de la forme que prendra le contrôle fiscal et de la date à laquelle il est prévu (il doit y avoir un minimum de 48 heures entre la date de réception de l'avis et le début de la vérification, sauf contrôle inopiné), des exercices comptables concernés par l'inspection, du droit à l'assistance d'un conseil et des coordonnées des supérieurs hiérarchiques du vérificateur. 

En cas de contrôle sur pièces, vous devez envoyer le fichier des écritures comptables (FEC) à l'administration fiscale, dans un délai de 15 jours à compter de la réception de l'avis. L'administration fiscale dispose ensuite d'un délai de 6 mois pour effectuer le contrôle fiscal.

En cas de vérification de comptabilité, un contrôleur se rendra dans les locaux de votre entreprise pour procéder à des vérifications comptables et fiscales. Il vérifiera les systèmes comptables, ainsi que toutes les pièces qui y sont associées (factures, livres comptables, registres, etc.).

Le contrôleur fiscal peut demander à vérifier d'autres documents relatifs à l'entreprise : statuts, contrats de travail, organigramme, etc. Il a en effet le droit d'accéder à tous les documents commerciaux, financiers et juridiques de l'entreprise pendant son inspection.

Concernant le délai de prescription du contrôle fiscal, il est de trois ans. On parle dans ce cas de délai de reprise. Ainsi, jusqu'à la fin de l'année 2025, l'administration fiscale a la possibilité de réaliser des contrôles fiscaux au titre des trois années précédentes, soit les années 2024, 2023 et 2022.

Combien de temps dure un contrôle fiscal ?

En principe, un contrôle fiscal d'une entreprise n'est pas limité dans le temps. Cela signifie que les investigations peuvent être poursuivies le temps jugé nécessaire par le contrôleur.

Cependant, il existe une exception pour certaines entreprises. Ainsi,le contrôle fiscal a une durée maximum de trois mois pour les entreprises dont le montant annuel du chiffre d'affaires HT ne dépasse pas 840 000 € (si l'activité est la vente de biens ou la fourniture de logement), 254 000 € (pour les prestataires de services) et 391 000 € (pour les activités agricoles).

Attention, la limite de trois mois ne s'applique pas dans certains cas, tels que les suivants :

• Constatation de graves irrégularités dans la comptabilité de l'entreprise (dans ce cas, la durée maximale est portée à 6 mois) ;
• Ouverture d'une enquête judiciaire pour fraude fiscale ;
• Exercice d'une activité occulte.

Que se passe-t-il après le contrôle fiscal d'une entreprise ?

Les conséquences dépendent des constatations dressées par l'administration fiscale à la suite du contrôle.

• Soit celle-ci conclut à la régularité des comptes de l'entreprise et la vérification prend fin avec un avis d'absence de redressement, soit elle constate une ou plusieurs anomalies et adresse à l'entreprise une proposition de rectification. Sachant que l'entreprise peut contester la proposition de redressement en présentation ses propres arguments. Là aussi, elle peut demander la saisine des supérieurs hiérarchiques du vérificateur, dans les 30 jours suivant la réponse à ses observations ou le compte rendu du recours de 1er niveau. L'entreprise a également la faculté de saisir, pour avis, la commission départementale des impôts directs et des taxes sur le chiffre d'affaires. 
• Si l'erreur comptable n'est pas due à la mauvaise foi de l'entreprise, l'administration fiscale peut lui imposer le paiement du nouvel impôt avec une pénalité de 10 %, et 0,2 % d'intérêts par mois en cas de retard.  
• Si l'erreur de l'entreprise est considérée comme volontaire, le paiement de l'impôt sera majoré à hauteur de 40 % en cas de manquement délibéré ou de mauvaise foi, ou de 80 % en cas d'abus de droit et manœuvres frauduleuses.

Comment se préparer au mieux à un contrôle fiscal ?

Votre entreprise va subir un contrôle fiscal et cela vous angoisse ? Ne paniquez pas. En effet, il est important de se rappeler qu'un contrôle fiscal n'est pas une sanction, mais une procédure de vérification standard des sociétés.

Le but n'est pas de vous piéger, mais de vérifier la cohérence des déclarations de votre entreprise. Voici quelques conseils qui vous permettront de faire face au mieux à un contrôle fiscal :

• Examiner l'avis de vérification : celui-ci doit contenir certaines mentions obligatoires, comme les exercices soumis à vérification. Il doit également vous informer de la possibilité de consulter ou de demander la remise d'un document appelé la charte du contribuable vérifié. Enfin, un délai d'au moins 48h entre la réception du courrier et la tenue de la vérification de l'entreprise par l'inspecteur doit être respecté. 

Attention : l'absence d'avis de vérification constitue un vice de procédure, qui entraîne l'annulation du redressement.

• Préparer tous les documents nécessaires au contrôle : déclarations fiscales, factures, registres, documents liés aux stocks de l'entreprise. En effet, votre entreprise est tenue de présenter, à la demande du vérificateur, tous les documents comptables qu'elle a l'obligation de tenir pour justifier ses déclarations. Ce dernier peut prendre copie des documents consultés. Et attention, en cas d'opposition, vous encourez une amende de 1500 € par document, dans une limite globale de 50 000 €. 
• Définir un interlocuteur référent dans l'entreprise, qui prendra en charge les formalités relatives au contrôle fiscal.
• Prendre conseil et/ou se faire assister par un expert (votre expert-comptable, un avocat fiscaliste...). Ce n'est pas obligatoire, mais cela peut permettre de faciliter la procédure de contrôle fiscal.
• Se montrer collaboratif et toujours faire en sorte de faciliter le travail du contrôleur fiscal.
• Vérifier que le contrôle fiscal suit la procédure réglementaire. Les contrôleurs aussi sont soumis à des obligations ! S'ils ne respectent pas la procédure, leurs investigations peuvent être déclarées nulles. Par exemple, ils ont dans l'obligation de soumettre à l'entreprise une proposition de redressement motivée. Cela signifie que des sanctions sans motif auront pour conséquence la nullité de la procédure et l'annulation du redressement.