Les écoles et les administrations de la capitale et des provinces environnantes sont fermées mardi, après une nuit de fortes pluies qui ont fait déborder de son lit la rivière Marikina.
Plus de 23.000 personnes vivant le long de la rivière ont été déplacées pendant la nuit et se sont réfugiées dans des écoles, des salles municipales ou des cours couvertes.
Environ 44.000 autres personnes ont été évacuées des villes de Quezon City et Caloocan, dans le Grand Manille.
D'après Wilmer Tan, du bureau de secours de la ville de Marikina, "ces personnes viennent généralement de zones basses, le long des ruisseaux" qui se jettent dans la rivière.
A Caloocan, une femme âgée et son chauffeur ont été emportés alors qu'ils tentaient de traverser un pont, a déclaré John Paul Nietes, superviseur adjoint d'un centre d'opérations d'urgence.
Leur voiture a été retrouvée lundi soir avec une vitre brisée. "L'opération de sauvetage se poursuit, mais à ce jour, ils n'ont été retrouvés ni l'un ni l'autre", a-t-il déclaré.
Des journalistes de l'AFP ont vu à Cainta, une petite ville de la banlieue de Manille, des habitants qui utilisaient des caisses de polystyrène et des vieux réfrigérateurs pour se déplacer sur les eaux.
Angelo Dela Cruz, 18 ans, utilisait lui un canot gonflable, qu'il s'est procuré en prévision des crues fréquentes, pour acheminer du riz au petit restaurant tenu par sa tante.
Une décrue était amorcée mardi après-midi, mais le service météorologique national a averti qu'une dépression tropicale au large des côtes à l'est du pays menace de déverser de fortes pluies jusqu'à la fin de la semaine.
Le passage du typhon Wipha en fin de semaine dernière a fait au moins six morts et six disparus dans le centre et le sud des Philippines, selon le Conseil national de réduction et de gestion des risques de catastrophes.
Chaque année, au moins 20 tempêtes ou typhons frappent les Philippines ou s'en approchent, les régions les plus pauvres du pays étant généralement les plus durement touchées.
Selon les scientifiques, le changement climatique provoque des phénomènes météorologiques extrêmes plus fréquents et plus intenses partout dans le monde.