Le géant américain Meta, propriétaire de la messagerie, a déclaré que la Russie tentait d'interdire l'application car "elle défie les tentatives du gouvernement de violer le droit des usagers à une communication sécurisée".
Dans un communiqué rendu public vendredi, l'agence russe de surveillance des télécommunications, Roskomnadzor a déclaré qu'elle pourrait interdire "complètement" l'application si celle-ci ne se conformait pas pleinement aux lois russes.
La Russie avait déjà interdit aux utilisateurs de passer des appels sur la plateforme en août, dans le cadre d'une répression plus large contre les réseaux sociaux détenus par des entreprises étrangères.
La messagerie Telegram avait été visée par la même mesure de restriction en août.
Selon les critiques, Moscou tente de forcer les Russes à utiliser des plateformes contrôlées par l'Etat à la place.
D'après Roskomnadzor, WhatsApp est utilisé pour "organiser et perpétrer des actes terroristes dans le pays, pour recruter les exécutants, et pour des fraudes et autres crimes contre nos citoyens".
"Si la messagerie ne respecte pas la législation russe, elle sera complètement bloquée", poursuit le communiqué.
WhatsApp est l'un des deux services de messagerie les plus populaires en Russie, avec Telegram.
Moscou veut que les deux messageries fournissent un accès aux données sur demande des forces de l'ordre, non seulement pour les enquêtes sur les fraudes, mais aussi pour l'investigation d'activités que la Russie qualifie de terroristes.
Les autorités accusent aussi les services de sécurité ukrainiens de recruter via ces applications des Russes pour leur faire commettre des actes de sabotage dans le pays en échange d'une promesse de rémunération.
Les défenseurs des droits humains craignent que le contrôle des messageries n'étendent les pouvoirs policiers de l'Etat russe.