Un incendie s'est déclenché sur le ferry KM Barcelona 5 au large des côtes nord de cette île alors qu'il faisait route vers la ville de Manado, selon les garde-côtes indonésiens.
Des passagers, portant des gilets de sauvetage, ont sauté par-dessus bord et ont été secourus pour certains par des bateaux de pêcheurs, selon la même source.
Un précédent bilan communiqué dimanche faisait état de cinq morts mais les autorités ont révisé ce bilan lundi à trois décès.
L'agence indonésienne de la sécurité maritime avait également indiqué que 284 personnes avaient été secourues mais lundi l'agence a révisé à 568 le nombre de personnes sauvées de l'accident.
Selon la liste des personnes embarquées, 280 passagers et 15 membres d'équipage se trouvaient à bord. Selon les médias locaux, le navire avait une capacité de 600 personnes.
"L'équipe de secours mène toujours des opérations de recherche et de sauvetage car nous collectons encore des données", a déclaré lundi à l'AFP le directeur de l'agence de secours de Manado, George Leo Mercy Randang.
"Notre poste est ouvert 24 heures sur 24, au cas où des familles souhaiteraient signaler la disparition d'un proche", a-t-il ajouté.
Une vidéo publiée par l'agence de recherche et de sauvetage de Manado a montré un navire des garde-côtes projetant de l'eau sur le ferry, d'où émanait une épaisse fumée noire.
La cause de l'incendie n'a pas été précisée.
Les accidents de transport maritime sont fréquents dans cet archipel d'Asie du Sud-Est, qui compte environ 17.000 îles, en raison notamment de normes de sécurité laxistes et de conditions météorologiques parfois mauvaises.
Le 3 juillet, un ferry a sombré au large de l'île touristique de Bali, faisant au moins 19 morts.
En mars, un bateau transportant 16 personnes a chaviré dans des conditions de mer agitée au large de la même île de Bali. Une Australienne y a trouvé la mort et au moins une autre personne a été blessée.
