Des milliers de personnes se sont rassemblées dans le centre de Barcelone pour protester contre les arrestations. Devant le département des affaires étrangères, un journaliste de l'AFP a vu des manifestants encercler et taper sur un véhicule de la garde civile, et des bousculades entre policiers et manifestants.

"Les forces d'occupation dehors!", criaient certains manifestants à Barcelone. "Nous voterons pour être libres", lisait-on sur des pancartes.

Une porte-parole de la garde civile a confirmé à l'AFP "treize arrestations de hauts responsables du gouvernement de Catalogne et 22 perquisitions" dans les opérations menées par les forces de l'ordre pour empêcher la tenue du référendum le 1er octobre. Ces opérations ont été décidées par un juge d'instruction de Barcelone, qui a ordonné 41 perquisitions au total.

Les gardes civils ont saisi mercredi des millions de bulletins de vote à Bigues, à 45 km de Barcelone, selon une source proche de l'enquête. 

Des policiers perquisitionnaient également les locaux de la CUP (Candidature d'unité populaire), parti séparatiste d'extrême gauche allié du gouvernement régional.

Le gouvernement "a suspendu de facto l'autonomie de la Catalogne et appliqué de facto un état d'urgence", a affirmé le président catalan Carles Puigdemont, accusant le gouvernement espagnol d'être "totalitaire" et de violer les "droits fondamentaux".

"Nous avons tous l'obligation de respecter la loi", avait auparavant déclaré à Madrid le chef du gouvernement Mariano Rajoy lors d'une houleuse séance parlementaire où un groupe d'élus catalans a quitté l'hémicycle.

Le gouvernement catalan a confirmé l'arrestation du bras droit du vice-président Oriol Junqueras, Josep Maria Jove, secrétaire général de la vice-présidence.

On ignore si ces arrestations interviennent uniquement pendant les perquisitions ou seront suivies de gardes à vue. 

La Cour constitutionnelle avait prévenu par courrier les dirigeants et fonctionnaires catalans qu'ils ne pouvaient pas coopérer à l'organisation du "scrutin illégal" du 1er octobre.

Mais les indépendantistes, qui avaient adopté le 6 septembre une loi organisant le référendum, primant selon eux sur toute autre loi, ont ignoré l'avertissement.

"Résistons pacifiquement. Sortons pour défendre nos institutions de manière non violente", a tweeté Jordi Sanchez, le président d'un des principaux mouvements indépendantistes issus de la société civile, l'Assemblée nationale catalane (ANC).

-Le Barça s'implique-

Le FC Barcelone, qui soutient un référendum légal, est aussi intervenu dans le débat pour condamner les opérations policières. 

"Le FC Barcelone, fidèle à son engagement historique en faveur de la défense du pays, de la démocratie, de la liberté d'expression et du droit à décider, condamne toute action susceptible d'empêcher le plein exercice de ces droits", a-t-il indiqué.

"Je demande ... que l'on revienne à la normalité", a déclaré de son côté Mariano Rajoy dans les couloirs du Parlement.

- 'Mains sales' -

Les échanges au Parlement espagnol ont été d'une rare violence. 

"Retirez vos mains sales des institutions de la Catalogne", a lancé à M. Rajoy le député Gabriel Rufian du parti indépendantiste de gauche ERC (Gauche républicaine de Catalogne). 

M. Rajoy a assuré qu'il ne faisait que "son devoir" et a exigé que "les menaces des (indépendantistes) radicaux contre les maires, les conseillers et les fonctionnaires qui défendent la légalité cessent".

"Ces gens ont une attitude de nazis, ils collent des affiches avec les photos des maires qui ne veulent pas participer"... et demandent aux gens de les harceler", avait accusé de son côté, la veille au soir, à New York, le ministre des Affaires étrangères Alfonso Dastis.

Ces perquisitions et arrestations interviennent alors que les opérations de police se sont intensifiées ces derniers jours, avec la multiplication de saisies de matériel électoral, notamment des affiches et de la propagande électorale.

Parallèlement, le ministère du Budget a gelé les finances de l'exécutif catalan, après avoir décidé de se charger directement du paiement des factures, ce qui réduit drastiquement l'autonomie financière de la région. 

Les séparatistes sont majoritaires en sièges au parlement catalan depuis septembre 2015. Mais les Catalans sont très partagés. 

Aux élections régionales en 2015, les indépendantistes avaient obtenu 47,6% des suffrages, mais la somme des voix des partis soutenant un maintien en Espagne représentait 51,28% des suffrages.

Plus de 70% des Catalans souhaitent cependant pouvoir s'exprimer à travers un référendum en bonne et due forme, selon tous les sondages.